增值税发票的抵扣联指的是增值税专用发票三联中的第三联发票抵扣联，是企业按照税法的规定在支付了上一道环节的增值税以后，在本单位或企业生产阶段可以抵扣的原始凭证。
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在向税务机关税务申报时，尤其是计算进项税额时，没有抵扣联是不可以抵扣进项税额的。
增值税专用发票是商事凭证，由于实行凭发票购进税款扣税，购货方要向销货方支付增值税，因此也是完税凭证，起到销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明的作用。
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增值税专用发票的作用：
1. 增值税专用发票是商事凭证，由于实行凭发票购进税款扣税，购货方要向销货方支付增值税，因此也是完税凭证，起到销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明的作用。
2. —种货物从最初生产到最终消费之间的各个环节可以用增值税专发票连接起来，依据专用发票上注明的税额，每个环节征税，每个环节扣税，让税款从上一个经营环节传递到下一个经营环节，一直到把商品或劳务供应给最终消费者。
这样，各环节开具的增值税专用发票上注明的应纳税额之和，就是该商品或劳务的整体税负。因此，体现了增值税普遍征收和公平税负的特征。
什么是发票联和发票抵扣联
推行金税工程是我国加强增值税管理，保障国家税收，防范和严厉打击各种偷、骗增值税等违法犯罪活动的重要手段，是国家实现税收信息化管理的重要组成部分。目前金税工程运行质量不断提高，但是，金税工程中对负数增值税专用发票的处理却不可忽视，否则将造成一定程度的滞留票、缺联票，乃至形成一个偷税的漏洞。
现就负数增值税专用发票的数据采集问题谈几点浅见。 一、开具负数增值税专用发票的条件 要做好负数增值税专用发票的数据采集工作，首先必须对如何开具负数增值税专用发票有一个正确认识。如果不对负数增值税专用发票开具作出规定，任由企业随意开具负数增值税专用发票，不仅不利于数据采集工作，而且影响交叉稽核质量。
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》、《中华人民共和国发票管理办法》的规定，企业只能在下列情况下才可开具负数增值税专用发票： （一）企业跨月作废开具红冲增值税专用发票，必须先收回已发出给购货方的发票联和抵扣联。收回的发票联和抵扣联是企业开具红冲增值税专用发票的合法凭据，在未收回发票联和抵扣联前，企业不得擅自开具红冲增值税专用发票。
企业在记账时，要将被冲销的发票联和抵扣联以及对应冲销的红冲发票联和抵扣联附在红冲增值税专用发票记账联后面，以便备查，开具的红冲发票联和抵扣联不得交付购货方。 （二）企业发生退货或折让开具负数增值税专用发票，必须收到由购货方税务机关开具的《增值税进货退出与折让证明单》后，方能开具相应的红冲增值税发票。
《进货退出与折让证明单》是企业在发生退货或折让时开具红冲增值税专用发票的合法凭据，在未取得《进货退出与折让证明单》前，企业不得擅自开具红冲增值税专用发票。企业在记账时，要将《进货退出与折让证明单》附在红冲增值税专用发票记账联后面，以便备查。开具的红冲发票联和抵扣联交付购货方。
二、对负数增值税专用发票的处理 （一）销货企业开出发票，本月内发现错误，在未收回发票联、抵扣联的情况下不得作废；若购货方在抵扣联认证后又将发票退给销货方，销货方应在同一会计期间内将发票作废。以上情况在稽核子系统比对后会产生属于作废发票进行抵扣，应转入协查子系统进行协查。
这时一定要注意当月相应存根联采集，否则就形成缺联票。 （二）销货企业开出发票，本月内发现错误，在收回发出给购货方的发票联和抵扣联后，可在当月做作废处理；若发出的发票联和抵扣联无法收回，销货企业此时不能做作废处理，要凭对方提供的《进货退出与折让证明单》开出负数增值税专用发票冲销，同时要注意存根联的采集。
（三）销货方凭购货方提供的《进货退出与折让证明单》才能开具的负数增值税专用发票的处理。此类负数增值税专用发票要求在报税时将存根联进行采集。 （四）购货方提供《进货退出与折让证明单》取得销货方开具的负数增值税专用发票抵扣联，应在当期认证。
如购货方不及时认证并冲销进项税额，可按《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定给予处罚。 （五）跨月作废形成的负数增值税专用发票的处理，主要有三种情形：1。销货企业必须在收回原来已发出的发票联和抵扣联后方能跨月开具负数增值税专用发票，对购货方已认证并无法收回的发票联和抵扣联，必须凭税务部门的《进货退出与折让证明单》等，否则不予开具负数增值税专用发票；2。
销货企业当月开出的负数增值税专用发票的抵扣联应全部在当月认证；3。销货企业当月开出的负数增值税专用发票的存根联必须在次月的报税期内与其他存根联一道报税，进行存根联采集。
